SCC0172

No Jupiter-web: [Ementa].

Avisos

• Recuperação: dia 06 de fevereiro de 2013, 14h. Local: ICMC sala 3-010.

As revisões de prova poderão ser feitas a qualquer momento, até o início do 1o. semestre de 2013. Possibilidades: 3 a 14 de janeiro e fevereiro a qualquer momento. Dia 19/12 próximo é também uma possibilidade. Mandar e-mail para a profa. Rosane marcando o horário.

• As notas das avaliações e frequência dos alunos estão disponíveis.
• As notas das atividades 7, 8, 9 e 10 estão disponíveis. Também foram atualizadas as notas das atividades anteriores. Lembrem de utilizar a senha para abrir os arquivos.
• Para a média serão consideradas as 7 melhores notas de trabalhos práticos.
• Definida data da recuperação: dia 06 de fevereiro de 2013, 14h. Local a ser definido.
• Estão disponíveis as listas de exercício 04, 05 e 06. Bom trabalho !
• As notas da avaliação 1 estão disponíveis. Lembrem de utilizar a senha padrão para abrir o arquivo. A revisão será no dia 19 de novembro, no horário de atendimento.
• As notas da atividade 4 estão disponíveis. Lembrem de utilizar a mesma senha da atividade anterior para abrir o arquivo.
• As notas das atividades 2 e 3 estão disponíveis. Lembrem de utilizar a mesma senha da atividade anterior para abrir os arquivos.
• As notas da atividade 1 estão disponíveis. Lembrem de utilizar a senha enviada por e-mail para abrir o arquivo.
• Foi adicionado um arquivo com o cronograma e avaliação atualizados.
• Antes da aula de 30/08: fazer os exercícios da aula Algoritmos II, tema execução condicional, tanto os algoritmos como os programas em Python. Reprogramar, executar e alterar os programas fornecidos para treinamento.
• Antes da aula de 16/08: testar a execução dos comandos do pseudo-código (Aula Algoritmos I) em Python, e fazer os exercícios do último slide da aula Algoritmos I.

• Quinta-feira dia 16/08/2012 prática no Lab 206. Fazer a lista de exercícios antes.

• Cronograma e Avaliação disponíveis

• Atenção: os exercícios referentes a aula do dia 09/08/2012 estão disponíveis.

• Quinta-feira dia 02/08/2012 a aula será teórica na sala: Anf. H. Panepucci

Divulgação de Notas

OBS: Utilizem a senha para visualizar as notas.

Trabalhos:

• Trabalho Prático 1 - Expressões, Entrada, Saída e Condicional
• Trabalho Prático 2 - Estruturas de Controle
• Trabalho Prático 3 - Estruturas de Controle 2
• Trabalho Prático 4 - Funções
• Trabalho Prático 5 - Funções 2
• Trabalho Prático 6 - Vetores
• Trabalho Prático 7 - Matrizes
• Trabalho Prático 8 - Cadeias e Registros
• Trabalho Prático 9 - Alinhamento
• Trabalho Prático 10 - Busca e Indexação

Provas:

• Prova 1
• Prova 2
• Rec

Frequência:

• Frequência no Semestre

Localização

Salas:

• Lab 206 - IFSC - Laboratório de Ensino (Aula Prática e Atendimento)
• Lab 1-007 ICMC - VICG - Laboratório de Pesquisa (Atendimento)
• Sala 4-206 ICMC - Sala Professora (Atendimento)

Anfiteatros:

• Anf. Verde IFSC - Anfiteatro Verde (Aula Teórica)
• Anf. H. Panepucci(Azul) IFSC - Anfiteatro H. Panepucci(Azul) (Aula Teórica)

Informações da Disciplina

SCC-0172 - Introdução à Programação para Biologia Molecular

Professora: Rosane Minghim (rminghim@icmc.usp.br)

Alunos PAE: Carlos Elias Arminio Zampieri (ceaz@icmc.usp.br) e Renato Rodrigues Oliveira da Silva (rros@icmc.usp.br)

Monitor: Gustavo Schimiti (gustavo.schimiti@usp.br)

Horários

Aulas:

• Terça-feira - 16:20 às 18:00 - Sala: Anf. Verde (Aula Teórica)
• Quinta-feira - 16:20 às 18:00 - Sala: Anf. H. Panepucci(Azul) (Aula Teórica) ou Sala: 206 (Aula Prática)

Atendimentos:

• Profª Drª Rosane - Segunda-feira das 16:00 às 19:00 - Sala: 4206

• Carlos ou Renato - Quinta-feira das 14:00 às 16:00 - Sala: 1007(o atendimento será transferido para a sala: 206 caso o número de alunos exceda a capacidade da sala: 1007) - Horários adicionais devem ser combinados por e-mail

• Gustavo - Segunda-feira e Quinta-feira das 19:00 às 21:00 - Sala: 206

Cronograma e Avaliação

• Cronograma e Avaliação
  • Cronograma e Avaliação Atualizados

Material Didático

• Instalação Python
• História do Computador
• O Sistema Computacional
• Algoritmos I
• Algoritmos II - provisorio, não imprima ainda
  • Codigos Python condicional
• Estruturas de Controle - Algoritmo - fazer todos os exercícios
  • Estruturas de Controle - tradução para Python
  • Enunciado e resolução da Prática I, incluindo modificações da aula de 12_09
  • Enunciado da Prática II
  • Códigos e Algoritmos da aula de 25.09 - Prática III e Funções I
  • Slides Funções - Algoritmos e Python
• Vetores (provisório)
  • Códigos em Python da aula de 23/10
  • Prática VI (enunciado + resolução)
• Matrizes (provisório)
  • Códigos em Python da aula de 06/11
  • Prática VII (enunciado + resolução)
• Cadeias de Caracteres (provisório)
  • Códigos em Python da aula de 13/11
• Registros (namedtuple)
  • Códigos em Python da aula de 20/11
• Alinhamento de cadeias
  • Alinhamento de cadeias geneticas
• Busca e Índice de Busca
  • Código em Python da aula de 04/12

Lista de Exercícios

• Exercícios 01 - Operações Aritméticas Simples e Strings em Python
• Exercícios 02 - Estruturas de Controle Condicionais
• Exercícios 03 - Estruturas de Controle Iterativas
• Exercícios 04 - Vetores
• Exercícios 05 - Matrizes
• Exercícios 06 - Cadeia de Caracteres

Submissão de Trabalhos

• Site: Tidia-AE
  • Apresentação Tidia-AE
  • Usando o Escaninho do Tidia-AE

Material Didático Complementar

• Página da Disciplina Ministrada pelo Profº Dilvan em 2011
• Python para Desenvolvedores - 1ª Edição
• Python para Desenvolvedores - 2ª Edição
• Think Python

Bibliografia Principal

Livros Texto:

• MARK LUTZ, Programming Python (Third Edition), O'Reilly & Associates, 2006.

Bibliografia Complementar:

• GIBAS, C.; JAMBECK, P.: Desenvolvendo Bioinformática, Editora Campus, 2002.
• KATJA SCHUERER, CATHERINE LETONDA, Python course in Bioinformatics, Programming Course for Biologists at the Pasteur Institute.
• SZWARCFITER, J.L.; MARKEZON, L. - Estruturas de Dados e seus Algoritmos - LTC Editora, 1994.

Links Interessantes

• Documentação Python 2.7.3